Flexibele software koppelt biobanken aan elkaar

10 november 2011

Nederland kent zo’n 150 biobanken: digitale bibliotheken met een enorme hoeveelheid informatie over planten, dieren en mensen. NWO-onderzoeker Morris Swertz ontwikkelde een softwaresysteem dat uiteenlopende bronnen aan elkaar koppelt. Het systeem MOLGENIS maakt combinaties van data mogelijk die voorheen onmogelijk waren. Toepassingen zijn te vinden in bijvoorbeeld de muisgenetica en in het project ‘Het Genoom van Nederland’.

Moderne technieken brengen het menselijk lichaam steeds beter in kaart. Grootschalige metingen leggen bijvoorbeeld erfelijke en moleculaire kenmerken vast in de zoektocht naar oplossingen voor ziekten die door meerdere genen worden bepaald, zoals astma en diabetes. Dat resulteert in omvangrijke datasets uit allerlei studies, opgeslagen in biobanken. Het kost veel geld en tijd om achteraf die data aan elkaar te plakken. Bovendien blijven sommige onderzoeksvragen onopgelost omdat de benodigde data niet aan elkaar konden worden gekoppeld. Het softwaresysteem MOLGENIS (Molecular Genetics Information System), dat bioinformaticus Swertz ontwikkelde aan het European Bioinformatics Institute in Cambridge (Engeland), biedt een oplossing voor deze problemen.

Softwarefabriek
‘Je moet het systeem zien als een soort fabriekje’, legt Swertz uit. ‘Het maakt niet uit met welke vraag een onderzoeker zit. De vraag past er altijd in en er komt iets uit.’ Het begint met een eenvoudige, technische beschrijving van het onderzoek. Welke analysemethode de onderzoeker gebruikt bijvoorbeeld, en hoeveel metingen er zijn. De beschrijving stopt hij in de softwarefabriek, en er komt een volledige softwareomgeving op het internet tevoorschijn. Daarin kan hij alle datasets uploaden en gebruiken hoe hij maar wil. Ieder onderzoek dat in MOLGENIS wordt ingevoerd produceert een bijbehorende dataset. Zo ontstaat een aaneenschakeling van gegevens die oneindig veel verschillende analyses mogelijk maakt.

Meer informatie
Bezoek voor meer informatie de website van NWO.

Heb je vragen over dit bericht?

Je naam(Vereist)
Dit veld is bedoeld voor validatiedoeleinden en moet niet worden gewijzigd.